میکروسکوپ الکترونی عبوری TEM
در میکروسکوپ الکترونی عبوری (Transmission Electron Microscopy) یا (TEM)، برعکس میکروسکوپ SEM، نمونه قبل از تصویربرداری به برش‌‌های بسیار نازک (به عنوان مثال با استفاده از لبه برش الماس) برش داده می‌شود و پرتوی الکترون به جای اینکه از سطح آن عبور کند، از برش نمونه عبور می‌کند. نمونه‌هایی که برای تصویربرداری با میکروسکوپ الکترونی عبوری آماده می‌شوند، اغلب ضخامتی در حدود ۱۰۰ نانومتر دارند. TEM معمولا برای به دست آوردن تصاویر دقیق از ساختار‌های داخلی سلول‌‌ها و فازها مورد استفاده قرار می‌گیرد.
تفاوت میکروسکوپ‌های الکترونی عبوری و روبشی
میکروسکوپ TEM و SEM در چگونگی عبور پرتو و اطلاعات بدست آمده از نمونه با یکدیگر تفاوت‌هایی دارند. میکروسکوپ روبشی تصویری از سطح نمونه تهیه می‌کند، در حالی میکروسکوپ عبوری از داخل نمونه تصویربرداری می‌کنند. قدرت تفکیک و بزرگنمایی در میکروسکوپ الکترونی عبوری از میکروسکوپ الکترونی روبشی بالاتر است.
پرتوهای الکترونی در میکروسکوپ الکترونی روبشی به صورت نقطه به نقطه سطح نمونه را اسکن می‌کنند، اما پرتوهای میکروسکوپ TEM به تمام نمونه برخورد کرده و از آن عبور می‌کنند. علاوه بر این موارد، آماده‌سازی نمونه برای میکروسکوپ SEM از میکروسکوپ TEM آسان‌تر است.
